Os portais científicos do SINAPAD permitem a execução, via interface Web, de aplicações científicas diversas nos clusters dos centros que compõem o sistema nacional. Segue abaixo uma lista dos portais atualmente disponíveis no sistema. Outros portais estão sendo desenvolvidos e serão anunciados em breve!!!

Veja aqui uma demonstração de uso desses portais!!!

Os recursos computacionais aos quais esses portais dão acesso (veja aqui a lista de recursos atualmente acessíveis via portais) são geridos por um middleware de grade que permite aos usuários dos portais manter, de forma segura, os dados e metadados (p.ex. informações de proveniência) resultantes de seus experimentos efetuados por meio desses portais na própria infraestrutura computacional do sistema nacional.

Se você tem interesse em usar um dos portais, preencha o formulário de requisição de novo usuário aqui .

Se você tem interesse em desenvolver um portal e integrá-lo ao SINAPAD, envie uma mensagem para sinapad-sup@lncc.br!!!

Portais Disponíveis

Portal ACES3

O portal ACES3 permite a execução do ACES III (Advanced Concepts in Electronic Structure III). ACES III é uma implementação paralela do software ACES , desenvolvido na Universidade da Flórida, para cálculo de estruturas eletrônicas em química quântica. Os algoritmos oferecidos pelo ACES III incluem: HF, SCF, MBPT(2) e CCSD(T). Para SCF, MBPT(2), e CCSD(T), funções de onda de referência HF restrita e irrestrita estão disponíveis. Para gradientes e Hessianas no nível MBPT(2), uma função de onda camada aberta HF restrita também está disponível. Os métodos são programados no ACES III por meio de uma linguagem chamada SIAL (Super Instruction Assembly Language). O Software foi projetado para uma otimização muito eficiente e fácil compatibilidade em diferentes arquiteturas de hardware.


Portal BioInfo

A Rede Nacional de Bioinformática (RNBio) foi criada em Janeiro de 2014 como resultado de um Programa Estruturante do Ministério de Ciência e Tecnologia, Inovações e Telecomunicações (MCTIC) voltado para o fortalecimento das pesquisas envolvendo o uso da bioinformática no país. O núcleo fundador da RNBio é formado pelo LABINFO/LNCC, o LNBio/CNPEM e a UFMG, que atua estreitamente com os Centros Nacionais de Processamento de Alto Desempenho (CENAPAD) estruturados no sistema SINAPAD. Esses centros conseguiram aumentar a capacidade de execução de análises computacionais em muitas Instituições no Brasil. No cerne da RNBio, foi desenvolvido o Bioinfo-Portal, uma plataforma computacional multiusuária acoplada ao sistema SINAPAD que visa possibilitar o uso e execução de softwares e workflows de bioinformática de interesse para pesquisadores de diversas áreas.


Portal BRAMS

O portal BRAMS-SINAPAD destina-se a permitir a execução do "Brazilian developments on the Regional Atmospheric Modelling System" ( BRAMS ). O BRAMS implementa um modelo de previsão numérica do tempo, tendo sido desenvolvido a partir do RAMS especificamente para os trópicos.


Portal CAM-GRID

O portal CAM-GRID destina-se a permitir a execução do Community Atmosphere Model ( CAM ).
O CAM é considerado um modelo de escala global para simulações climáticas e seus resultados podem ser visualizados graficamente em softwares como o Integrated Data Viewer ( IDV ) e outros.


Portal DANCE

Closeness Centrality é uma importante medida de centralidade em redes que classifica os nós pela sua proximidade com todos os demais nós na rede. A classificação de nós obtida por meio dessa centralidade permite que se identifique aqueles nós que estão melhor posicionados para realizar de forma eficiente processos de difusão, tais como difusão informações, distribuição de bens e epidemias. Infelizmente, o alto custo computacional envolvido no cálculo deste tipo de centralidade impede seu uso generalizado, em particular para as redes de larga escala. O Portal DANCE (Distributed Assessment of Network CEntrality) utiliza um algoritmo distribuído que fornece uma maneira rápida e eficiente para calcular uma classificação de nós fortemente correlacionada àquela obtida por meio de closeness centrality, permitindo assim a aplicação deste tipo de centralidade em análise de redes complexas de grande porte.

Referência:

DANCE: A Framework for the Distributed Assessment of Network Centralities
Klaus Wehmuth, Antonio Tadeu A. Gomes, Artur Ziviani
Technical Report, April 2014.
Disponível em http://arxiv.org/abs/1108.1067


Portal DockThor

O Portal DockThor, desenvolvido pelo grupo GMMSB/LNCC, é um servidor gratuito de atracamento molecular receptor-ligante idealizado para facilitar e disponibilizar o uso desta metodologia para a comunidade acadêmica. O programa implementado DockThor é um método baseado em grade que considera o ligante flexível e o receptor rígido, empregando um algoritmo genético de múltiplas soluções como método de busca e o campo de força MMFF94S como função de avaliação. As principais etapas de preparação do ligante e da proteína estão disponíveis no portal, sendo possível alterar os estados de protonação dos resíduos de aminoácidos e incluir cofatores (e.g. moléculas de água estruturais, metais, moléculas orgânicas) como entidades rígidas. O usuário também pode personalizar os principais parâmetros da grade de energia e do algoritmo genético. Os resultados do processo de atracamento molecular podem ser analisados, visualizados e classificadas automaticamente ainda no portal. Os parâmetros de análise também podem ser personalizados pelo usuário. O Portal DockThor utiliza as facilidades computacionais fornecidas pela plataforma de alto desempenho brasileira SINAPAD (Sistema Nacional de Alto Desempenho) e tem como parceiro o INCT-INOFAR.


Portal Gaussian

Este portal permite a seus usuários modelar estruturas eletrônicas usando as facilidades do software Gaussian 09 . Devido a restrições de licenciamento, este portal está atualmente disponível somente para usuários das seguintes instituições: UFRGS, UFPE, Unicamp, UFC e LNCC.


Portal GdfidL

Este portal tem como propósito a utilização do software GdfidL para simulações eletromagnéticas tridimensionais nos domínios do tempo e frequência, através do Método de Diferenças Finitas. Os campos podem ser excitados por meio de portas (e seus modos) ou cargas lineares relativísticas, cujos processamentos servem de base para cálculo de parâmetros S, wakepotentials, fatores de qualidade e impedâncias shunt, TDR, validação de perdas, etc. Tais ferramentas, aliadas às técnicas redução de erros de discretização e dispersão, tratamento de condições de contorno absorvedoras e periódicas, fazem do GdfidL um renomado software na área de aceleradores de partículas.

Esse portal é de uso exclusivo do Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS)


Portal PrimTest

Este portal implementa o teste probabilístico de primalidade de Muller-Rabin. Um teste de primalidade é um algoritmo que determina se um número n é primo. Testes probabilísticos usam, além do número n que se quer testar, outros números a escolhidos aleatoriamente a partir de algum espaço amostral; os testes probabilísticos usuais, como o usado neste portal, nunca apontam um número primo como sendo composto, mas é possível que um número composto seja erroneamente apontado como primo. A probabilidade de erro do teste pode ser reduzida repetindo o teste com vários valores independentes de a .


Portal Profrager

O portal ProFrager é uma ferramenta de geração de bibliotecas de fragmentos de proteínas. Os usuários podem escolher diversos parâmetros que alteram a composição das bibliotecas de maneira significativa. O ProFrager tem como diferencial oferecer ao usuário opções avançadas para a criação de suas bibliotecas, tais como, a criação de fragmentos exclusivamente a partir de estruturas homólogas (ou não homólogas) à sua sequência alvo, escolher entre diferentes bancos de proteínas não redundantes e selecionar a matriz de similaridade a ser utilizada. A geração dos fragmentos pode ainda ser refinada através da predição da estrutura secundária da sequência alvo.


Portal SPiNMe

O desenvolvimento de novos métodos numéricos é de grande importância em ciências computacionais. Devido as suas propriedades, métodos baseados em elementos finitos (FEM), volumes finitos (FVM) e diferenças finitas (DFM) são de particular interesse, com um grande número de artigos científicos dedicados a eles. Infelizmente, esses métodos são em geral de difícil implementação o que torna o processo de comparação com outros métodos bastante custoso do ponto de vista de tempo de desenvolvimento. SPiNMe é um ambiente computacional em que a especificação e prototipagem desses métodos podem ser perpetuadas e a experimentação com eles pode ser feita de forma mais facilmente reproduzível e comparável com outros métodos. Detalhes sobre o SPiNMe aqui .


Portal TrueRNG

Geradores de números verdadeiramente aleatórios utilizam sistemas físicos que obedecem leis probabilísticas. Essa característica contrasta com os geradores de números pseudo-aleatórios que usam sistemas físicos determinísticos mas cujo comportamento parece probabilístico devido à falta de conhecimento sobre os detalhes desses sistemas. Mecânica quântica é a única teoria física que obedece leis probabilísticas e não pode ser reduzida ou descrita em termos de uma teoria mais fundamental de natureza determinística. O portal TrueRNG explora um processo óptico quântico para gerar fluxos de bits verdadeiramente aleatórios. Contudo, é importante que os usuários tenham em mente que violações na aleatoriedade podem ocorrer devido a implementações imperfeitas de sistemas quânticos. Há testes que ajudam o usuário a ganhar confiança quanto à aleatoriedade dos números produzidos pelo gerador. Alguns desses testes podem ser verificados aqui .