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Seminário da Pós-Graduação do LNCC - 21/08 - Fábio Lima Custódio - Uso de computação de alto,desempenho em predição,de estruturas de proteínas
Publicado em: 16/08/2017,00:00
Evento Gratuito Palestrante: Fábio Lima Custódio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Tipo : Seminário de Pós-Graduação, Seminário COPGA - Série SDumont Data : 21/8/2017 Horário : 14:00 - 15:30 Local : Auditorio A Resumo: A predição de estrutura de proteínas pode ser vista como um problema de otimização com centenas de graus de liberdade sob uma função de avaliação extremamente complexa e computacionalmente cara. Além disso, os métodos utilizados são estocásticos, portanto, é interessante que seja feito um número grande de execuções para varrer o espaço de conformações. Esse cenário tipicamente resulta em um tempo de execução longo para alcançar resultados de boa qualidade. Em nosso projeto adaptamos a metodologia de predição de estruturas de proteínas desenvolvida no LNCC, que é baseada nos programas GAPF e Profrager, para a plataforma de alto desempenho do Santos Dumont. Para isso foi empregado paralelismo em diversos níveis, além de extensa modernização no código dos programas. Esses avanços possibilitaram a participação do LNCC na 12ª edição do CASP (Critical Assessment of Protein Structure Prediction).