EVENTO
Inclusão da Flexibilidade do Receptor no Programa DockThor através da Abordagem de Soft Docking.
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
Técnicas computacionais vêm ganhando cada vez mais importância na pesquisa farmacêutica, por contribuírem com a diminuição de tempo e custo no planejamento de novos fármacos. A metodologia de docking molecular tem por objetivo prever modos de ligação e afinidade de uma pequena molécula (ligante) no sítio de ligação do alvo biológico de interesse (receptor). Um dos grandes desafios da área é o tratamento da flexibilidade do receptor que, por possuir muitos graus de liberdade, torna-se difícil de ser representado computacionalmente. Assim, usualmente, o receptor é tratado como uma estrutura rígida, como atualmente é feito no programa DockThor, desenvolvido pelo nosso grupo de pesquisa GMMSB. Uma das maneiras mais simples de tratar a flexibilidade do receptor na metodologia de docking é através da técnica de soft docking, que consiste na suavização do potencial de van der Waals, estratégia comumente utilizada pela grande maioria dos programas de docking. O programa DockThor utiliza uma função baseada no campo de força MMFF94S como função de avaliação para a predição de modos de ligação. Portanto, o presente trabalho consiste no desenvolvimento de uma nova versão do programa DockThor que considera a flexibilidade do receptor através da suavização do potencial de van der Waals (i.e., soft docking) do campo de força MMFF94S. Experimentos de redocking e crossdocking foram realizados em conjuntos testes com diferentes características para validar a estratégia e explorar diferentes graus de suavização. Através dos resultados obtidos, foi possível observar que a técnica de soft docking implementada neste trabalho manteve ou melhorou os resultados de predição do modo de ligação da conformação observada experimentalmente para ligantes cognatos (redocking) e melhorou significativamente os resultados de ligantes não-nativos (crossdocking). A metodologia desenvolvida será implementada no programa DockThor e disponibilizada à comunidade científica através do portal web DockThor (http://www.dockthor.lncc.br).
Data Início: 25/02/2019 Hora: 10:00 Data Fim: 25/02/2019 Hora: 13:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Sala 01 - Pós-Graduação
Aluno: Ana Luiza Martins Karl - -
Orientador: Isabella Alvim Guedes - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Alessandro Nascimento - - USP-SC Ana Carolina Ramos Guimarães - Fundação Oswaldo Cruz - FIOCRUZ Fabio Lima Custodio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Suplente Banca Examinadora: Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI
