De acordo com as missões outorgadas ao LNCC pelo MCT, quais sejam a de coordenar o SINAPAD, a de coordenar o projeto GENOMA Nacional através do Laboratório de Bioinformática - LABINFO, a de participar nos níveis de direção e execução do Projeto GEOMA - Geoprocessamento e Modelagem Ambiental na Amazônia e atendendo às diretrizes, ações e metas definidas no Plano Diretor do LNCC, a Unidade elegeu um conjunto de Projetos Estruturantes para serem desenvolvidos de maneira a garantir o avanço do conhecimento científico e tecnológico e seus impactos na solução de problemas estratégicos para o desenvolvimento do País e melhora da qualidade de vida de seus cidadãos.