Produção Técnico-Científica da Coordenação de Modelagem Computacional - COMOD em 2014


PRODUÇÃO CIENTÍFICA



PUBLICAÇÕES CIENTÍFICAS

Artigos Publicados em Revistas com Corpo Editorial:

Babuška, I., Silva, R. S. ; 'Dealing with uncertainties in engineering problems using only available data '; DOI: 10.1016/j.cma.2013.11.018 ; Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering; Vol: 270; No: 1; Pág: 57-75; 2014; Disponível em: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0045782513003265

Visualize o arquivo em PDF     Custodio, F. L., Barbosa, H. J. C., Dardenne, L. E. ; 'A multiple minima genetic algorithm for protein structure prediction'; DOI: 10.1016/j.asoc.2013.10.029; Applied Soft Computing; Vol: 15; Pág: 88-99; 2014; Disponível em: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1568494613003633

da Cunha, D. J. , Benjamim, A. C., Silva, R.C.C., Guerreiro, J. N. C. , Drach, P. R. C.; 'Fatigue analysis of corroded pipelines subjected to pressure and temperature loadings'; DOI: 10.1016/j.ijpvp.2013.10.013; International journal of pressure vessels and piping; Vol: 113; Pág: 15–24; 2014; Disponível em: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308016113001579

de Magalhães, C. S., Almeida, D. M., Barbosa, H. J. C., Dardenne, L. E. ; 'A dynamic niching genetic algorithm strategy for docking highly flexible ligands'; DOI: 10.1016/j.ins.2014.08.002; Information Sciences; Vol: 289; Pág: 206-224; 2014; Disponível em: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020025514007919

Drach, P. R. C., Karam F., J. ; 'Increasing ventilation by passive strategies: analysis of indoor air circulation changes through the utilization of microclimate elements'; DOI: 10.4236/am.2014.53044; Applied Mathematics; Vol: 5; No: 3; Pág: 442-452; 2014; Disponível em: http://file:///C:/Documents%20and%20Settings/library/Meus%20documentos/Downloads/AM_2014021210151829.pdf

Goliatt, P. V. Z. C., Baptista,R,P.L, Guedes, I. A., Guimaraes, A. C. R., Custodio, F. L., Ferreira, M. A., Dardenne, L. E. ; 'Structural modeling and docking studies of ribose 5-phosphate isomerase from Leishmania major and Homo sapiens: a comparative analysis for Leishmaniasis treatment'; DOI: 10.1016/j.jmgm.2014.11.002; Journal of Molecular Graphics and Modelling; 2014; Disponível em: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S109332631400179X

Guedes, I. A., de Magalhães, C. S., Dardenne, L. E. ; 'Receptor–ligand molecular docking '; DOI: 10.1007/s12551-013-0130-2 ; Biophysical Reviews; Vol: 6; No: 1; Pág: 75-87; 2014; Disponível em: http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12551-013-0130-2

Lima, E. A. B. F., Oden, J. T., Almeida, R. C. ; 'A hybrid ten-species phase-field model of tumor growth.'; DOI: 10.1142/S0218202514500304; Mathematical Models & Methods in Applied Sciences; Vol: 24; No: 13; Pág: 2569-2599; 2014; Disponível em: http://www.worldscientific.com/doi/abs/10.1142/S0218202514500304

Lima, E. A. B. F., Almeida, R. C. , Oden, J. T.; 'Analysis and numerical solution of stochastic phase-field models of tumor growth.'; DOI: 10.1002/num.21934; Numerical Methods for Partial Differential Equations; 2014; Disponível em: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/num.21934/abstract

Mainka, J., Murad, M. A. , Moyne, C. , de Lima, S. A.; 'A modified effective stress principle for unsaturated swelling clays derived from microstructure '; DOI: 10.2136/vzj2013.06.0107; Vadose Zone Journal; Vol: 13; No: 5; Pág: 1-17; 2014; Disponível em: http://vzj.geoscienceworld.org/content/13/5/vzj2013.06.0107.abstract

Total de Artigos Publicados em Revistas com Corpo Editorial: 10


Artigos Aceitos para Publicação em Revistas com Corpo Editorial:

Lima, E. A. B. F., Oden, J. T., Almeida, R. C. , Bellomo, N.; 'A hybrid ten-species phase-field model of tumor growth'; DOI: 10.1142/S0218202514500304; Mathematical Models & Methods in Applied Sciences; 2014

Total de Artigos Aceitos para Publicação em Revistas: 1


Artigos Publicados em Anais de Congresso:

Murad, M. A. , Le, T. D., Pereira, P. A.; 'Bridging between macroscopic behavior of shale gas reservoirs and confined fluids in nanopores'; In: ECMOR XIV; 2014; 14th European Conference on the Mathematics of Oil Recovery

Valli, A. M. P., Catabriga, L., Almeida, R. C. , dos Santos, I. P.; ' Time intergration schemes for a multiscale finite element formulation to solve transient advection-diffusion-reaction problems. '; Fortaleza; 2014; XXXV Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering

Total de Artigos Publicados em Anais de Congresso: 2


Resumos Publicados em Anais de Congresso:

Catabriga, L., Valli, A. M. P., Almeida, R. C. , Santos, I. P.; 'Multiscale Method Using Static and Transient Subscales to Solve Transport Flow Problems.'; Barcelona; 2014; 11th World Congress on Computational Mechanics

Murad, M. A. , Le, T. D., Pereira, P. A., Boutin, C.; 'A new computational model for flow and transport in shale gas reservoirs.'; CENPES, RJ; 2014; I Workshop on Multiscale Models of Unconventional Oil and Gas Resources

Murad, M. A. , Obregón, J.A.L., Lopes, T. V., Garcia, E. L. M. , Correa, M. R.; 'Fractional step methods in iterative coupling between multiphase flows and reservoir geomechanics'; Pittsburgh; 2014; Workshop on Computational Geomechanics

Murad, M. A. , Obregón, J.A.L., Lopes, T. V., Garcia, E. L. M. , Correa, M. R.; 'Recent advances in iterative coupling between multiphase flows and reservoir geomechanics including surrounding rocks'; Milwaukee, Wisconsin; 2014; 6th International Conference on Porous Media - Interpore 2014

Total de Resumos Publicados em Anais de Congresso: 4


Capítulos de Livros:

Goliatt, P. V. Z. C., De Oliveira, R. T. R., Rocha, G. K., Dardenne, L. E. , Custodio, F. L.; Modelos tridimensionais; In: 'Bioinformática: da biologia à flexibilidade moleculares'; 2014; p. 148-171; Porto Alegre, RS.; Disponível em: http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/

Guedes, I. A., de Magalhães, C. S., Dardenne, L. E. ; Atracamento; In: 'Bioinformática: da biologia à flexibilidade moleculares'; 2014; p. 189-208; Disponível em: http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/

Total de Capítulos de Livros: 2


ATIVIDADES CIENTÍFICAS

Organização de Reuniões Científicas:

Caffarena, E.R., Pascutti, P.G., Dardenne, L. E. , Goliatt, P. V. Z. C., Gomes, D. E. B., Custodio, F. L., Batista, P. R., Costa, M.; 'VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos'; LNCC; 18/08/2014; 22/08/2014

Total de Organização de Reuniões Científicas: 1


Conferências e Seminários:

Karam F., J. ; 'Blood Rheology and Some Numerical Experiments in Medium-small Vessels'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Oficina FLS-LNCC em Modelagem de Fenômenos Vitais ; LNCC - Petrópolis/RJ; 05/02/2014

Total de Conferências e Seminários: 1


Cursos Ministrados:

Guedes, L. P. C., Nicolás, M. F., Dardenne, L. E. ; 'Introdução ao DNA e Proteínas'; 10/03/2014; 36; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; LNCC - Petrópolis/RJ

Nicolás, M. F., Guedes, L. P. C.; 'Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico'; 01/10/2014; 12/12/2015; 36; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; LNCC - Petrópolis/RJ

Total de Cursos Ministrados: 2


Outras Atividades:

Custodio, F. L.; ; Tipo Atividade: Desenvolvimento de Material Didático.'Tutorial para Predição de estruturas de Proteínas: Modelagem Comparativa e Ab initio.'; 01/01/2010

Custodio, F. L.; ; Tipo Atividade: Desenvolvimento de material didático.'Tutorial para prediçãi ab initio de estrutura de proteínas.'; 01/01/2008

Tanajura, C.A.S.; ; Tipo Atividade: Palestra'Palestra no IO/USP: Métodos de assimilação de dados oceanográficos e aplicações no Oceano Atlântico tropical'; 01/05/2006

Total de Outras Atividades: 3


ORIENTAÇÕES

Teses de Doutorado Concluídas:

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: De Oliveira, R. T. R.; 'Desenvolvimento de metodologias de novo para predição de estruturas de proteínas '; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 17/12/2014

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: Lima, E. A. B. F.; 'Phase-Field Models of Tumor Growth with Angiogenesis.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 29/04/2014

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: De Oliveira, R. T. R.; 'Desenvolvimento de Metodologias De Novo para Predição de Estruturas de Proteínas.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 17/12/2014

Total de Teses de Doutorado Concluídas: 3


Teses de Doutorado em Andamento:

Orientador(es): Silva, R. S. ; Orientado: Anderson Fernandes Pereira dos Santos; 'Desenvolvimento de Modelos de Desempemho Algebricos para Aplicacoes de Dinamica dos Fluidos Computacionais'; Data Início: 01/01/2003

Orientador(es): Galeão, A. C. N. R. ; Orientado: Flávio Pietrobon Costa; 'Acoplamento de Escoamentos em rede Superficial e Subsuperficial'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2004

Orientador(es): Toledo, E. M. ; Orientado: Luciana Santos da Silva; 'Estudo de modelos para simulção de escoamentos com fronteira livre'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2006

Orientador(es): Tanajura, C.A.S.; Orientado: Jean Felix de Oliveira; 'Um Método de Assimilação de Dados para Previsão oceanográfica ao Largo da Costa Sudeste do Brasil, utilizando o Modelo Oceânico HYCOM'; Data Início: 01/03/2004

Orientador(es): Silva, R. S. ; Orientado: Eduardo Henrique da Rocha Coppoli; 'O Método de Elementos Finitos Aplicado ao Eletromagnetismo e Considerações e Motivações do Uso de um Método Sem Malha (Meshless) para Problemas desta Natureza'; Data Início: 01/03/2004

Orientador(es): Tanajura, C.A.S., Dias, P. L. S., Goncalves, L. G.; Orientado: Claudia Adam Ramos; 'Desenvolvimento de Métodos de Assimilação de Dados de Umidade do Solo e Aplicações em Modelos Acoplados Atmosfera-Biosfera sobre o Semi-Árido do Nordeste do Brasil'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 03/04/2007

Orientador(es): Toledo, E. M. ; Orientado: Paulo César Ferreira; 'Análise mecânica não linear de tecidos cardiácos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2008

Orientador(es): Bevilacqua, L. , Galeão, A. C. N. R. ; Orientado: Simone de Almeida Delphim; 'Modelos Bio-Econômicos de Invasão Biológica'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 28/03/2007

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Adílson Vicente Xavier; 'Desenvolvimento de Operadores de Movimento Local para Algoritmos Genéticos Aplicados à Predição ab initio de Estruturas de Proteínas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/01/2008

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: Rocha, G. K.; 'Predição ab initio de estruturas de Proteínas utilizando aminoácidos miodificados'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 04/02/2012

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: Tavara, E. G. M.; 'Filtragem de decoys para predição de estruturas de proteínas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio; Data Início: 03/02/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Lopes, T. V.; 'Simulação Numérica de Escoamentos Multifásicos em Shale Gas'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: da Rocha, A. C.; 'Termodinâmica de Gases em Meios Porosos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Barroso, J. S.; 'Simulação Numérica de Acoplamento Matriz/Fratura'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Pereira, P. A.; 'Modelagem Computacional Multiescala de Resrvatórios não Convencionais de Gases em Folhelhos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 30/06/2013

Orientador(es): Murad, M. A. ; Orientado: Radtke, L. C.; 'Modelos Hidro-Geomecânicos para Simulação de Escoamentos Multifásicos no Pré-Sal'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 30/06/2011

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Werdt, P. R. T.; 'Algoritmos Evolutivos Paralelos para Predição de Estruturas de Proteínas.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 05/05/2014

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: dos Santos, K. B.; 'Docking Proteina-Proteina.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 04/08/2014

Total de Teses de Doutorado em Andamento: 18


Dissertações de Mestrado Concluídas:

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: dos Santos, K. B.; 'Prediçãao de Estruturas de Proteínas Utilizando Restrições de Angulos Diedrais.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 18/07/2014

Orientador(es): Custodio, F. L.; Orientado: Werdt, P. R. T.; ' Predição de estruturas de proteínas utilizando restrições de RMN e um modelo coarse-grained'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 01/04/2014

Total de Dissertações de Mestrado Concluídas: 2


Dissertações de Mestrado em Andamento:

Orientador(es): Garcia, E. L. M. ; Orientado: Patricia Costa; 'Programacao Multithreading para Computação de Alto Desempemnho de Programas de Elementos Finitos'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2006

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Luíz Zacarias do Amaral; 'Utilização de Técnicas de Reconhecimentos de Padrões para a Previsão de Constantes de Inibição Recptor-Ligante'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 01/03/2009

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: de Resende, A. C. M.; 'Modelagem e Simulação de Problemas de Crescimento Tumoral'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: da Rocha, H. L.; 'Modelagem Discreta do Crescimento Tumoral'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: Fabian, J. H. L.; 'Calibração e Validação de Modelos de Crescimento Tumoral.'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; Data Início: 31/01/2014

Total de Dissertações de Mestrado em Andamento: 5


Iniciação Científica:

Orientador(es): Almeida, R. C. ; Orientado: Rodolfo Honorato de Mello Luz; 'Métodos Numéricos'; 01/08/2007

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Karina Batista; 'CONSTRUÇÃO DE BIBLIOTECAS DE FRAGMENTOS PARA A PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS'; 01/08/2007

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Damásio Antônio Alves Ferreira; 'Desenvolvimento do Portal MHOLline: Sistema Computacional para Modelagem Comparativa em Genômica Estrutural'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 01/09/2006

Orientador(es): Tanajura, C.A.S.; Orientado: Hans Castro Einsiedler; 'Construção de Análise Regional do Modelo Atmosférico WRF sobre o Nordeste do Brasil com o Método de Assimilação de Dados 3D-VAR'; Universidade Federal da Bahia, UFBA; 01/03/2006

Orientador(es): Tanajura, C.A.S.; Orientado: Jonatas Castro Einsiedler; 'Investigação da Previsibilidade de Tempo do Modelo Atmosférico WRF sobre o Nordeste do Brasil'; Universidade Federal da Bahia, UFBA; 01/03/2006

Total de Iniciação Científica: 5


Orientação ao Pós Doutorado:

Orientador(es): Dardenne, L. E. ; Orientado: Camila Silva de Magalhães; 'Desenho Racional de Novos Inibidores de Aspartil Proteases para o Tratamento da Malária: Desenvolvimento de Metodologias de “Docking” e Aplicações '; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 01/10/2009

Total de Orientação ao Pós Doutorado: 1


PARTICIPAÇÃO EM BANCAS

Participação em Bancas de Trabalhos de Conclusão:

Devloo, P. R. B., Abreu, E.M., Faria, C. O., Catabriga, L., Murad, M. A. ; ' Novas formulações de elementos finitos e simulações multifísicas'; Agnaldo Monteiro Farias; Universidade de Campinas, Unicamp; 05/12/2014; Tese de Doutorado

Esquef, P. A. A., Guerreiro, J. N. C. , Loula, A. F. D., Pires, A. P.; 'Modelagem Multiescala de Transporte de Gás em Reservatórios Não Convencionais Contendo Fraturas Naturais e Hidráulicas'; Aline Cristina Rocha; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 06/11/2014; Exame de Qualificação

Karam F., J. ; 'Estudos Numéricos na Solução de Problemas com Mudança de Fase'; Maicon William Niebus Odone; Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF; 12/08/2014; Dissertação de Mestrado

Karam F., J. ; 'Modelagem Computacional da Injeção de Dióxido de Carbono em Meios Porosos '; Luiz Humberto Rodrigues Sica; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 20/02/2014; Dissertação de Mestrado

Ocaña, K. A. S. O., Mattoso, M. L. Q., Lima, A. A. B., Evsukoff, A. G.; 'PROVDOOP: Captura, Armazenamento e Disponibilização de Dados de Proveniência em Tempo de Execução de Sistemas sobre HADOOP'; Vanessa Marques de Assis; Universidade Federal do Rio de Janeiro - Programa de Engenharia de Sistemas e Computação, Coppe/Sistemas; 01/02/2014; 01/07/2016; Dissertação de Mestrado

Ocaña, K. A. S. O., Mattoso, M. L. Q., Dias, J., Porto, F.A.M., Lima, A. A. B.; 'SCIENTIFIC WORKFLOWS WITH SUPPORT OF KNOWLEDGE BASES'; Victor Soares Bursztyn; COPPE-UFRJ - Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Engenharia, COPPE/UFRJ; 01/01/2014; 03/08/2017; Dissertação de Mestrado

Total de Participação em Bancas de Trabalhos de Conclusão: 6


Participação em Bancas de Comissões Julgadoras:

Giraldi, G. A. , Guerreiro, J. N. C. , Munoz Rivera, J. E.; 'Otimização Topológica Estrutural Baseada em Confiabilidade com Restrição em Tensão Utilizando o Conceito de Derivada Topológica'; Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC; 10/12/2014

Karam F., J. ; 'Membro Titular Banca de Concurso Público para Professor Adjunto - UERJ'; Universidade Estadual do Rio de Janeiro, UERJ; 10/11/2014; 14/11/2014; Concurso Público

Total de Participação em Bancas de Comissões Julgadoras: 2



PRODUÇÃO TÉCNICA

PUBLICAÇÕES TÉCNICAS

Resumos Técnicos Publicados em Congressos:

Karam F., J. , de Oliveira, W. P., de Oliveira, F.S.G.; 'Modelagem Computacional Aplicada a Questões Sócio-Educacionais'; IX-Jornada de Iniciação Científica - LNCC; LNCC; 23/09/2014; Anais da IX-Jornada de Iniciação Científica - LNCC; Vol: 1; Pág: 68

Total de Resumos Técnicos Publicados em Congressos: 1


DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARES E SISTEMAS COMPUTACIONAIS

Softwares:

Dardenne, L. E. , Guedes, I. A., da Silva, E. K., de Magalhães, C. S., Almeida, D. M., Barbosa, H. J. C.; 'Portal web DockThor'; www.dockthor.lncc.br; Data: 01/06/2013

Dardenne, L. E. , Custodio, F. L., Linden, M. G. V. D., Barbosa, H. J. C.; 'GAPF NMR - Genetic Algorithm for Protein Folding using RMN restraints'; Linux - C++; Programa para predição de eestruturas 3D de proteínas utilizndo dados experimentais de RMN; Linux; Data: 01/03/2007

Furtado, C. B., Goliatt, P. V. Z. C., Dardenne, L. E. ; 'LLDB - LASSBio Ligand Data Bank'; LINUX; Gerenciar o Banco de ligantes do LASSBio/Fac. Farmácia/UFRJ; WEB Restrito; Data: 01/01/2005

Total de Softwares: 3