Integração de grande quantidade de dados de redes biológicas: um portal de biologia de sistemas com ferramentas e bases de dados relacionadas às diversas ômicas para pré-processamento, mineração e divulgação de informações e conhecimento.
Data Início:
01/10/2015
Data Fim:
30/09/2018
Secretária(s):
Natália Fernandes Aquino
Instituições Envolvidas:
Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Órgãos Financiadores:
FAPERJ
Resumo:
Com o advento e disseminação das “ômicas” nas últimas décadas, conjuntos de moléculas (genomas, transcritomas, proteínas e metabólitos) de vários organismos levaram à geração de extensos conjuntos de dados e,consequentemente, uma enorme necessidade de análise e armazenamento. As “ômicas” focaram principalmente em modelos biológicos relacionados ao ser humano e de interesse econômico (alimentos ou fontes de recursos),microrganismos patogênicos ou ligados a processos biotecnológicos. Entretanto, apesar da relevância destas abordagens e dos progressos resultantes, obtém-se muitas vezes uma visão estreita e limitada, incapaz de responder a questões biológicas cruciais em função da análise isolada de organismos ou de categorias específicas de moléculas numa determinada situação (espacial ou temporal). Neste contexto, os objetivos da presente proposta são: i) estruturar e implantar uma plataforma de Bioinformática e de Biologia Computacional, devendo integrar e disponibilizar estruturas computacionais de livre acesso e multiusuário, capazes de oferecer um ambiente robusto para o desenvolvimento de pesquisas que manipulem grande quantidade de dados na área, com ênfase para o entendimento de interações moleculares; ii) desenvolver e integrar plataformas pré-existentes de geração de dados de “ômicas” e biologia molecular; iii) propiciar a formação de Recursos Humanos por meio de cursos de curta e longa duração para ensino fundamental, médio, superior e de pós-graduação. Este projeto pretende gerar um ambiente propício para a exploração de questões
biológicas importantes, propiciando a integração de grupos de pesquisa, promovendo o desenvolvimento de tecnologias e inovações relacionadas com a Bioinformática direcionados a questões chave intrínsecas do Estado do Rio de Janeiro, do País e também mundial. A equipe do LABINFO deverá atuar em estreita colaboração com os Centros Nacionais de Processamento de Alto Desempenho (CENAPADs) estruturados no sistema SINAPAD, bem como em outros centros de
computação vinculados a instituições geradoras de dados de “ômicas”. Essas plataformas (computacionais e “ômicas”) ficarão fisicamente juntas facilitando, desta forma, a transferência e o acesso à grande massa de dados anotados, curados e facilmente analisáveis. Os grupos colaboradores já apresentam atuação na análise de diversos aspectos envolvendo interações moleculares, devendo a complementariedade das competências (instituições e integrantes)
propiciar um ambiente altamente produtivo e interdisciplinar, integrando diversos tipos de equipamentos para a geração de dados biológicos, além de uma infraestrutura computacional capaz de armazenar, processar e interpretar grandes quantidades de dados, com o desenvolvimento de métodos e algoritmos computacionais aliados ao processamento de dados de alto desempenho (HPC - High Perfomance Computing), computação em nuvem e tecnologias para a geração de modelos biológicos sofisticados.