Ao final da década de 1980, a FINEP (Departamento de Informática) vinha tentando – sem muito sucesso, devido aos elevados custos – manter atualizado o parque computacional das universidades. Paralelamente, esforçava-se para apoiar a indústria nacional, que já havia iniciado a colocação de computadores de desempenho mais elevado no mercado, mas sem efetividade. O futuro da arquitetura de PAD era discutido, inconclusivamente, pela academia e pela indústria nos países líderes e, no Brasil, apenas pelos especialistas na academia.

A FINEP, preocupada com a insuficiência de recursos econômicos e financeiros e com as dificuldades de administração dos centros de computação nas universidades, desenvolveu uma proposta para a racionalização dos investimentos e do uso dos recursos. Propôs um modelo organizacional baseado em alguns poucos centros de porte grande, com alta capacidade de computação e infra-estrutura correspondente e com o acesso via rede, vantajoso mesmo considerados os baixos níveis de conectividade e velocidade de transmissão de dados da ocasião. Por questões estratégicas, optou pela estruturação da iniciativa em dois programas distintos e inter-relacionados: o PAD, de tecnologia de construção de sistemas de PAD, e o SINAPAD, de serviços de PAD.

Na ocasião, estava em curso um movimento para estabelecer um primeiro centro de supercomputação. Diversas iniciativas foram propostas – CENPES/Petrobrás, iniciativa privada, USP –, mas nenhuma concretizada. No início da década de 1990, o MCT optou por apoiar a criação de um centro de supercomputação na UFRGS. Por sugestão da FINEP – mesmo reconhecendo a pouca maturidade das próprias idéias sobre o tema e a falta de consenso na comunidade de C&T sobre os caminhos futuros –, foi aceito que o centro a ser instalado na UFRGS seria o embrião de uma rede nacional, aberta a empresas, governo e academia, para a prestação de serviços sob demanda, treinamento e desenvolvimento de aplicações.

Entre 1992 e 1998, foram instaladas cinco unidades – os CENAPADs –, nas universidades federais do Ceará, Minas Gerais, Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul e na UNICAMP, com o apoio do CNPq, na forma de bolsas. No decurso desse processo, o MCT decidiu agregar o LNCC e o CPTEC/INPE ao sistema. Nesse mesmo período e nos anos subseqüentes, a Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP) ganhou marcante evolução, que permitiu aos usuários dos Cenapads acessarem o sistema a taxas de comunicação da ordem de Gigabits por segundo. Em 2007, mais um centro foi criado, na Universidade Federal de Pernambuco (UFPE).

A coordenação do SINAPAD, inicialmente conduzida pela FINEP, passou, a partir de 1998, para um grupo de trabalho composto por representantes da própria FINEP e das unidades do sistema. Em 2001, estudos conduzidos pelo MCT indicaram a conveniência de se rever esse modelo, transferindo-se a coordenação do SINAPAD para o LNCC, o que foi efetivado em dezembro de 2002. Em 26 de julho de 2004, o Decreto n.º 5.156 instituiu formalmente o SINAPAD. Em 5 de agosto seguinte, foi firmado um Termo de Cooperação Técnico-científica entre o MCT e as instituições que hospedam e operam os CENAPADs, consolidando-se então o marco legal do sistema.

Em 2007 e 2008, os recursos computacionais dos centros foram revitalizados, graças a novos investimentos do MCT, via Fundos Setoriais de C&T e Programa de Informática da RNP, que somaram R$ 7,4 milhões.