SGI Altix 3700 BX2 32 Processadores Itanium2 1.5 GHz 64GB de memória RAM 2 Discos de 140GB 1 disco do Sistema Operacional 1 disco para dados (/data2) Sistema de Filas PBS (Portable Batch System)

• O disco para dados está montado no diretório /data2, não coloquem dados no /tmp
• Crie um diretório nomeado com o seu login (Examplo: /data2/joao) para melhor organização dos dados
• Este diretório deverá ser usado para entrada e saída de programas
• Este diretório é para armazenamento temporário, os dados devem ser retirados assim que possível (Não tem backup)

A altix utiliza o pacote de módulos de ambiente (module) que possibilita a modificação dinâmica do ambiente do usuário através de módulos. Cada módulo contém informações necessárias para configurar o shell para uma determinada aplicação. Tipicamente são setadas variáveis de ambiente como PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH, entre outras.

Módulos podem ser carregados e descarregados automaticamente.

Módulos são úteis no gerenciamento de diferentes versões de aplicações.

Comandos

• module

  lista todas as opções do comando

• module list

  lista todos os módulos carregados no login

• module avail

  lista todos os módulos disponíveis no sistema

• module help  <nome_do_módulo>

  fornece informações sobre o módulo especificado

• module load  <nome_do_módulo>

  carrega o módulo especificado

• module unload  <nome_do_módulo>

  descarrega o módulo especificado

• intel-icc (intel-icc-9.0)
• intel-ifort (intel-ifort-9.0)
• intel-idb (intel-idb-9.0)
• gromacs (3.3.1)
• nagware (trial)
• pbs

module load <nome_do_módulo>

• SGI MPT 1.13 (Message Passing Toolkit)
  
  Este é o MPI que se encontra no path. Para compilar usando o SGI MPT utilize o mpif90 e mpicc. Para maiores informações acesse a documentação.
  
  
• MPICH (compilado com compiladores gnu e intel)
  
  
• Gromacs
  
  Todos os executáveis têm a extensão _d e _f para designar double e float respectivamente.
  
  
• Compiladores Intel
  
  
• Compilador G95
  
  
• GNU Multiple Precision Arithmetic Library
  
  
• Grads
  
  
• HDF Viewer

6.1 Submetendo Job

6.1.1 PBS Job Script

1. Especificação de um shell UNIX (#!/bin/bash ou #PBS -S /bin/bash)
2. Diretivas do PBS
3. Tarefas (programas ou comandos)

qsub nome_do_script

6.1.2 Job serial

#PBS -S /bin/bash
#PBS -l ncpus=1
#PBS -N testjob

cd $PBS_O_WORKDIR

./myprogram

qsub jobscript1

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N testjob
#PBS -l ncpus=1
#PBS -q q_2cpus

cd $PBS_O_WORKDIR

./myprogram

qsub jobscript2

6.1.3 Job paralelo (mpich)

#PBS -S /bin/bash
#PBS -l ncpus=2

mpirun -np 2 /usr/local/sources/NPB3.2.1/NPB3.2-MPI/bin/cg.C.2

qsub paralelo1

#PBS -S /bin/bash
#PBS -q q_4cpus
#PBS -l ncpus=2

mpirun -np 2 /usr/local/sources/NPB3.2.1/NPB3.2-MPI/bin/cg.C.2

qsub paralelo2

#PBS /bin/bash
#PBS -l ncpus=4

cd $PBS_O_WORKDIR
/usr/local/gromacs-3.3.1/bin/grompp_mpi_f -np 4
mpirun -np 4 /usr/local/gromacs-3.3.1/bin/mdrun_mpi_f

qsub -q q_4cpus paralelo3

6.1.4 Job paralelo (OpenMP)

#PBS -S /bin/bash
#PBS -l ncpus=2

cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=2

./openmp.exe

qsub openmp.sh

6.2 Verificando Status dos Jobs

Comando: qstat [parametros]

1. qstat
2. qstat -f jobid
   exibe informações completas do job
3. qstat -u usuario
   exibe informações somente do usuário especificado
4. qstat -r
   exibe apenas os jobs que estão rodando
5. qstat -i
   exibe os apenas os jobs que não estão rodando

6.3 Removendo Jobs

Comando: qdel [parametros]

1. qdel jobid
2. qdel `qselect -u usuario`
   remove todos jobs de um determinado usuário
3. qdel `qselect -u usuario -q fila`
   remove todos jobs de um determinado usuário em uma fila específica

1. Programas Fortran
   
   Todo arquivo no fortran é associado a um número (file descriptor). O usuário não deve associar o file descriptor de um arquivo a 5.
   
   Exemplo de um teste com erro:

   program teste
           
   NIIN='in/INPUT.SA'
   iin= 5
   
   open(unit=5 , file= NIIN) 
   close(iin)
         
   stop
   end 
   

   A saída de erro será:

   forrtl: Bad file descriptor
   forrtl: severe (108): cannot stat file, unit 5, file stdin
   Image              PC                Routine            Line        Source      
          
   a.out              40000000000982B0  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              4000000000094590  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              4000000000052F50  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              4000000000007C40  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              40000000000070A0  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              4000000000011880  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              4000000000002AA0  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              40000000000029D0  Unknown               Unknown  Unknown
   Unknown            2000000000405C50  Unknown               Unknown  Unknown
   a.out              40000000000027C0  Unknown               Unknown  Unknown
   

2. Link
   
   O programa a ser executado não deve ser um link. Embora em alguns casos rode sem problema já foram detectados casos em que isso não acontece.
   
   
3. Erro de compilação do SGI MPT (MPI da SGI)
   
   Quando for linkar com a biblioteca do mpi (-lmpi) nunca usar a opção -static pois essa tentará linkar com a bilbioteca estática libmpi.a que não existe.

Cada comando possui uma gama de opções. Para maiores detalhes consulte os manuais dos comandos:

• man qsub
• man qstat
• man qselect
• man qdel

O manual completo do PBS (PBS User Guide) pode ser baixado no link abaixo

PBSProUG_7.1.pdf